税理士法人プラス・行政書士法人サポートプラスです。
ご指名ありがとうございます。
お父様の相続税についてですが、お父様の相続開始時の財産は、お父様の財産＋祖父様の財産の未分割割合（法定相続分）です。平成11年当時の価額で評価するため、当時実際にお父様の財産について、相続税が発生したかどうかは不明です。
いずれにせよ、こちらも時効により納めることができません。
譲渡所得税については、その通りです。相続による取得であるため、取得日は引き継がれ、長期譲渡となります。