祖父の相続が開始されたとき、①土地の半分は相続人（父と叔母）が相続します。②祖父の株１０％も同様に相続されます。③会社の借金（６０００万円）については、おそらく祖父は連帯保証しているでしょうから、その負債もまた、同様に相続されます。
土地の使用貸借についてですが、祖父は自分の土地上に自分の会社のビルを建てたのだから、地代を請求しなかったし、また、税務署もそれを是認していたようですが、相続により、土地の所有者が、父と叔母になるので、父はともかく、叔母は地代を請求する可能性があります。
あとあと、問題になることも考えられるので、相続のときに使用貸借ではなく、賃貸借契約をしておくべきかと思われます。
会社の株について、叔母から異議が出る可能性もあります。もともと、祖父が作った会社ですから、祖父に１０％しかないのはおかしい、逆に母に２０％あるのは贈与もしくは名義株（実質は祖父のもの）だとか、父の７０％も多すぎるとか言ってくる。会社が順調であればあるほど、その可能性が高くなるのが世の常です。

弁護士　山城　昌巳

　祖父の貸付金500万円は相続財産になり、会社の株式を純資産方式で評価する部分においては債務として控除されます。
　会社に貸している土地の半分は相続財産になりますが、その評価において会社に借地権があるかどうかは、相当の地代の支払の有無、無償返還の届出の有無等、わからないことがありますのでなんとも回答できません。それによって会社の株価にも反映されますので詳細を調べてください。
　会社の借金6000万円は、会社の株式評価を純資産方式で評価する部分においては債務として控除されます。
　以上ですが、具体的にお知りになりたいことがなんであるかが記載されていないので、回答できるのはこれくらいでしょう。
　税理士　高山秀三