不在者の財産管理人は、財産を処分する権限はありません。遺産分割協議は、相続財産の放棄も含めて、どのように分割するか、ということですから遺産の処分にあたります。
不在者の財産管理人が権限外の行為をするには、家庭裁判所の許可を要します。（民§２８）
遺産分割の内容が諸般の事情から妥当と認められる場合、裁判所は許可するでしょうが、単純に相続放棄ということは、認めにくいのでは、と思われます。
現状の土地、家を売却する必要はないのではないですか。第一、売却するには、不在者の同意が必要です。
その同意にも、裁判所の許可が必要ですから、不動産は、そのままにして、不在者が法定相続分を取得する。あと、現・預金は、おばさんの生計の為に他の相続人は放棄（取得しない）する。そういう状況なら、不在者も現・預金は取得しないという点の許可も出されるのではないかと思います。

弁護士　山城　昌巳

叔父さんの相続において利益相反関係にない人で、家庭の状況をよく知っている人を不在者財産管理人に選任し、良く話し合って決めることです。あなた一人で想定問答をしても結論はでません。状況により法定相続分を相続させなくてもいいでしょうし、行方不明になったいきさつや状況を総合的に判断して合意すればいいと思います。