生前贈与2000万円を遺留分に基づいて減殺し
ても500万円です。

特別受益は，相続財産の具体的相続分の計算
のためものですから，受けた贈与を返還させ
るものではありません。

いずれにしても，1000万円支払う義務は生じ
ないことになります。

住宅取得のための生前贈与が，母親との同居を
前提としているなら，実質的な特別受益金額は
2000万円ではないと主張することになるのかと
思います。
可能であれば，その兄弟の方に遺留分の放棄を
してもらう方法もあります。

生計の資本として贈与されたものは、相続に関しては特別受益となり、相続財産とされます。（民§９０３）したがって、他に財産がないとすると、おっしゃるとおり１０００万円は１／２の相続分を有する兄または弟に支払わなければなりません。
但し、その贈与は、母と同居し、生計を共にしていれば、母自身の為にも必要なことなので２０００万円全額を贈与されたとも言えない部分があります。（その部分を金銭的確定することは難しいことですが）
どうすれば？とのことですが、その点を兄弟とよく話し合って、あなたが支払える範囲で納得してもらうか、それが出来ないときは、母名義で住宅を取得しておくというのも１つの方法です。そうすると、その家が相続財産となるので、相続のとき兄弟はその１／２を共有することになりますが、母に、あなたに全部相続させるとの遺言書を書いて貰えば、兄弟は１／４の遺留分しか請求できなくなります。
しかも、あなたが住んでおり、且つその権利もあるので、出て行けとは言えません。

弁護士　山城　昌巳

相続相談ステーションの毛利と申します。

住宅取得のための生前贈与は特別受益として
扱われるものかと思われます。

相続人に対して特別受益として与えられた贈与は、
相続分の前渡し的な性質を有するものであるため
遺留分算定の基礎となる財産に含まれます。
従って、他に財産がない場合において、
遺留分減殺請求を受けた場合、基本的に500万円の
支払い義務等が生じるものかと思われます。